尿路感染复发是指原来感染的细菌未完全杀灭，在停止治疗后1个月内重新生长繁殖，引起发病，复发时多数病人有尿路感染症状。复发表明原来治疗的失败或不彻底。失败的常见原因有：
    (1)抗菌药物选择不当：抗菌药对致病菌部分有效或完全无效。
    (2)抗菌药浓度不足：肾盂肾炎时，病变多为局灶性，病损部位多有疤痕形成，该处血流量不足，从而导致病灶内药物浓度不足，无法消灭病灶内细菌，仅能起到抑制细菌繁殖和活动的作用，停药后致病菌重新活跃，引起复发。针对这种情况，采用对细菌敏感的杀菌药如庆大霉素、羧苄青霉素等，使感染部位的药物达到有效治疗浓度，往往取得较好的疗效。
    (3)L-型细菌：L-型细菌是一种细胞壁缺陷性细菌，对低渗环境有一定的抵抗力，在高渗环境下不能存活，一旦停止治疗，则L-型细菌可复原，并继续致病。因为L-型细菌在等渗或低渗培养基不易生长，一般尿培养阴性。肾盂肾炎的复发，约20%是由L-型细菌所致。治疗其复发可用抑制蛋白合成的抗生素，如四环素、红霉素、氯霉素或庆大霉素等。
    (4)尿路结石：尿路结石是复发性感染的常见原因，因感染性结石中心往往能分离出尿素酶分解细菌，抗菌药物对它无效，即使取出结石后，感染仍常复发，此与残留含菌的微结石有关，故取石术后可用10%Renacidin或络合剂冲洗。
    (5)耐药菌株的出现：一般来说在治疗早期罕有耐药菌株出现，但在伴有肾功能不全时，抗菌药在肾中达到有效浓度很慢，这样就有条件使细菌产生抗药性。还有一种可能是，在治疗开始时就是耐药菌株，因此在治疗72小时内菌尿未消失，症状仍存在者，应按药敏试验更换用药。
    (6)药物剂量不够或疗程太短：所以许多医学中心建议，按药敏试验结果，选择敏感抗菌药，在允许范围内口服最大剂量作6周疗程治疗。